翻译至官方攻略本，翻译得一般，不过应该还是看的懂的……
启示录的故事跟前作一样，是直接接着兄弟会的结束部分，得到苹果的DESMOND在被不明力量（这里应该就是第一文明的JUNO）的控制之下杀害了LUCY并直接崩溃，而DESMOND的同伴们将陷入崩溃状态的他安置在一个ANIMUS装置里边并运输到一个新的目的地。

当陷入崩溃状态的DESMOND醒来后，他发现自己在一个不知名的岛屿里边，而在他身边出现了一个陌生的身影，准确地说，其实他们彼此都并不陌生，只不过DESMOND从来没见过他的前辈——实验体16号。实验体16号以一个虚拟的躯体出现在DESMOND面前，并告诉他现在他在一个ANIMUS的试验程序里边，而他自己（DESMOND）的记忆已经因为分别体验了EZIO和阿泰尔的记忆而面临破碎（记忆混乱）。实验体16号告诉DESMOND如果他不想遭遇这种情况，他只能通过建立一个同步连接来保护他自己的意识，而这个连接可以通过他至今未见的祖先的记忆作为钥匙来建立，当经历了他先祖的最后时光（或者最后一个非常重要的时刻，参考EZIO最后的一个章节），ANIMUS系统和他自己被围困的神经（BELEAGUERED SYNAPSES）会分裂为两个额外的存在身份标记——通过此DESMOND能从昏迷中醒来。

为此DESMOND继续回去探索EZIO的记忆，过了很多年之后，我们的刺客大师EZIO依然在为建立和平事业中奋斗着……他依然有很多东西不明白，特别是当他得到苹果之后第一文明所说的那个神秘的DESMOND，带着各种各样的疑惑和问题，他跑到了东方去调查阿泰尔建立的秘密图书馆，当他到达迈斯亚夫，被人发现身份的EZIO差点成了圣殿骑士的绳下游魂。当他经历千辛万苦到达图书馆入口的时候他发现图书馆的大门被锁起来了，而想要打开这门，EZIO必须获得5个独一无二的钥匙，为此，EZIO不远千里地跑到了君士坦丁堡。并如宿命一般遇到了土耳其国王的孙子：SULEIMAN。每当EZIO获得一个钥匙，他就能体验一段阿泰尔的记忆，当他快要调查完毕的时候，SULEIMAN的舅舅：王子AHMET想通过获得蕴藏在迈斯亚夫的秘密图书馆中的力量而带来和平和帝国统一。在经历了圣殿骑士的种种阻挠和顺利解决AHMET王子的阴谋后，EZIO带着5把钥匙回到了迈斯亚夫，当他走进去那秘密图书馆，他发现里边压根没有一本书，也没有无尽的珍贵知识，有的只有那坐在中间，孤独等待这EZIO到来的阿泰尔的尸骨和他手上的那第六个钥匙，当EZIO拿到最后一个钥匙之后，他知道这根本不是什么图书馆，这是一个储藏室，由将死的阿泰尔和他儿子为储存一个特殊的东西而建立并一直等待这EZIO的到来，当EZIO来到尽头的墙壁，他发现了阿泰尔用生命最后一刻所藏起来的另外一个苹果。这一次，EZIO没有拿起这个苹果，而是把它遗留在它所在的地方。苹果突然启动，终于明白自己角色的EZIO和DESMOND开始了穿越时空的对话，也许正如EZIO所说，“我只不过是一个一些我自己永远都不会懂的事情的传声筒而已……”

尽管EZIO不能看到DESMOND，但他还是用手触到了DESMOND的肩膀，此时，DESMOND被传输到一个不一样的地方，而这次所迎接他的是第三个第一文明的人：TINIA，而他在人类眼中的角色是：宙斯。TINIA告诉DESMOND第一文明的人类曾尝试过阻止大灾难的发生，但最后他们还是没能阻止其的发生，而此直接导致了第一文明的灭亡（刺客信条2有提到过），第一文明的三个“神”（分别是MINERVA, JUNO和TINIA）最后把他们所积累的所有知识安放在一个位置相当于现在纽约的地下宝库里，TINIA告诉DESMOND，他想知道的答案就安稳地躺在这个地下宝库里边。

获得了最后的指引的DESMOND从ANIMUS装置中醒来，醒来的他脱口而出的第一句话就是：

“我知道我们接下来要做什么了。”